江苏大学应用微生物研究所于2012年5月获得江苏大学批准成立，依托江苏大学生科院，相对独立运行，研究所下设微生物饲料研究中心和微生物化工研究室。

研究所近期发展目标：五年左右把江苏大学微生物饲料研究中心建设成省内一流的微生物饲料工程中心；微生物化工研究室建设成省内有一定特色化工酶研发机构，在江苏省饲料业、养殖业、农副产品加工业产生一定的影响力和经济效益。

研究所远期发展目标：研究基于“微生物+模式”的现代生态循环农业研究及产业化，以微生物饲料、微生物肥料、微生物防治、微生物环境、微生物发酵食品为核心的“微生物+模式”现代生态循环农业，将是下一个房地产业规模的市场,通过新型微生物饲料支撑起新一代的高效安全饲料业和生态养殖业,通过微生物肥料支撑起新一代的生态肥料业和种植业,通过绿色环保的生物农药代替传统化学农药,通过微生物菌剂显著改善环境水质, 通过微生物发酵以上优质食材，支撑起新一代的健康食品和发酵食品。

在中国产生巨大社会和企业影响力，引领新一轮饲料业和养殖业革命——生物饲料浪潮。有效促进解决民生问题、环保问题、粮食问题、三农问题和食品安全问题，引领饲料业和养殖业的重大革新！微生物饲料学术水平、工程工艺水平处于国内领先。

目前研究所有具有博士学位的研究人员10多位，正组建具有多学科交叉、国际和国内人才相结合的较强创新能力的科研团队，陈华友博士为江苏大学应用微生物研究所首任所长，并进一步向海内外招聘微生物饲料英才加盟，目前研究所承担国家973项目子课题两项，长三角联合攻关重大项目，江苏省农业支撑重点项目， 国家基金等项目，并同福建、江苏、浙江、河北等部分生物饲料企业建立产学研战略联盟。

研究所主要以枯草芽孢杆菌、酵母菌、霉菌、乳酸菌、双歧杆菌等为材料开展研究工作，发展微生物育种新方法和新技术，选育在工农业生产中有重大应用价值的优良菌种，用于新型微生物饲料，部分产品已产业化。将进一步大力研究益生菌菌群内部的协同或拮抗作用，及对杂菌的拮抗作用，根据现代系统生物学技术（基因组、转录组、蛋白质组和代谢组学等）研究工农业微生物的代谢调控机制或益生菌发酵及益生作用的菌群变化规律，及益生菌对动物的作用机制，同时大力研究纤维质农副业废弃物的发酵利用，用于生物饲料生产。